واحد ضدعفونی اتحادیه باغداران با کد بین المللی IR-581  MB با کادری متخصص و آموزش دیده و با هماهنگی واحد قرنطینه و کلینیک مرجع اتحادیه عملیات ضدعفونی و پلشت زدایی محموله ها و محصولات کشاورزی را وفق مقررات بین المللی تعیین و ابلاغ شده از سوی سازمان حفظ نباتات کشور بر عهده دارد.

فعالیت این واحد بر دو بخش ضدعفونی با گاز و قرص  و ساشه گذاری به همراه انجام عملیات ضدعفونی محلول پاشی متمرکز است.

انجام عملیات ضدعفونی محموله های غلات وارداتی در سیلوها و انبارهای بنادر شمالی و حتی سراسر کشور بر اساس نوع و تناژ محصول ، شرایط آب و هوایی و دمایی منطقه و پارامترهای جانبی صورت می پذیرد که با حضور و نظارت مستقیم کارشناسان قرنطینه بخش دولتی وفق قوانین سازمان حفظ نباتات کشور همراه است.

در خصوص ضدعفونی محموله های صادراتی اعم از میوه جات ، خشکبار، بستر کاشت، پالتهای چوبی و امثالهم عملیات پلشت زدایی از طریق گازدهی محموله های فوق الاشاره با دستورالعملهای مربوطه بر اساس نوع و میزان محصول ، شرایط اقلیمی، نحوه انبارداری و.... با نظارت و حضور کارشناس قرنطینه بخش دولتی صورت می گیرد. بدین جهت واحد ضدعفونی اتحادیه باغداران آماده خدمت رسانی در کلیه سطوح فوق به شرکتهای وارد کننده ، صادرکننده ، ترانزیت و بخش های مرتبط می باشد.