اتحادیه باغداران با دارا بودن مجوز کلینیک مرجع کشوری و در اختیار داشتن متخصصان و کارشناسان در شاخه های مختلف گیاه پزشکی در  بخش  قرنطینه محصولات گیاهی با نظارت بر حسن اجرای  دقیق دستورالعملها و شرایط و ضوابط بهداشت گیاهی سازمان حفظ نباتات کشور در بخش واردات ،صادرات،  ترانزیت و صادرات مجدد محصولات و فرآورده های کشاورزی از طریق نمونه برداری های محصولات فوق(بر اساس ریسکهای کم ، متوسط و زیاد که از سوی سازمان حفظ نباتات کشور تعیین و ابلاغ می گردد) بر مبنای شرایط تعیین شده از سوی کشورهای مقصد به تفکیک نوع، میزان و کیفیت محصولات اعم از میوه جات ،صیفی جات ، نهال ، خشکبار و امثالهم در حال فعالیت می باشد.

همچنین نظارت ، پایش و ردیابی آفات و بیماریهای قرنطینه ای احتمالی موجود در باغات ،مزارع ، نهالستانها و گلخانه ها به منظور آگاهی از آخرین محدوده پراکنش ، چگونگی و نحوه انتشار آنها و انجام اقدامات قانونی وفق مقررات مربوطه ابلاغ شده و بازدید ، بررسی ، پایش و ردیابی آفات و بیماریها و علفهای هرز قرنطینه ای در محموله های وارداتی تکثیر شونده و قابل کشت از زمان ورود به گلخانه های قرنطینه ای ، نهالستانها و گلخانه های محل تولید و تکثیر این اندامها در داخل کشور و نظارت بر حسن اجرای آنها از دیگر فعالیتهای اتحادیه در این بخش می باشد.