بالاترین رکن مدیریت اتحادیه شرکتهای تعاونی کشاورزی تولیدی باغداران مازندران مجمع عمومی است که از ترکیب نمایندگان شرکتهای تعاونی باغداران شهرستانها تشکیل شده و تصمیمات مهم و کلان اتحادیه در اجلاس سالانه آن اتخاذ می گردد. رکن بعدی مدیریت تشکیلات، هیئت مدیره است که برای مدت 3 سال با برگزاری انتخابات از بین کاندیداهای معرفی شده شرکتهای تعاونی شهرستانها انتخاب شده و عهده دار راهبری و اتخاذ تصمیمات کلان جهت پیشنهاد و طرح در اجلاس مجمع عمومی و همچنین تایید پیشنهادات و برنامه های اجرایی و مالی شرکت و انتخاب مدیرعامل را به عهده دارند.رکن سوم مدیریت تشکبلات مدیرعامل است که با نظر هیئت مدیره برای یک دوره 3 ساله انتخاب و کلیه امور اجرایی و مدیریتی اتحادیه را به عهده دارد. از مهمترین تکالیف مدیرعامل اجرای برنامه های هیئت مدیره و مجمع عمومی می باشد.